误报发生当天中午，北海道函馆的一位出租车司机正在车站门口等客，手机突然发出尖锐的警报声，他低头看见屏幕上写着 9.9 级地震预警，立刻把车停到了路边，双手握住方向盘，盯着路边的电线杆看了两分钟 —— 周围的街道上没有任何晃动，店铺门口的遮阳篷安安静静垂着，连路边的落叶都没有被震起来。两分钟之后，他的手机又弹出来一条解除通知，他把车重新发动，慢慢开回了车站门口的等客区。
这次误报出来的 9.9 级，是日本有地震速报记录以来系统算出过的最高震级数字。气象厅的技术人员在记者会上说，正常情况下，系统里设置了一个防错阈值 —— 当系统算出的震级超过 8.5 级的时候，会自动触发二次核验流程，把几个监测点的数据重新比对一遍，确认数值没有异常才会发警报。但当天中午，这个二次核验的环节没有按流程启动，值班人员直接点了发送按钮，把 9.9 级的速报发了出去。
技术人员在投影幕上放了当天的系统日志截图，屏幕上的时间线写着：12 点 36 分系统算出震级 9.9 级，12 点 38 分值班人员收到系统弹窗，12 点 40 分速报发出，整个过程里没有触发人工复核的弹窗提示。记者会现场有记者问，为什么系统会跳过这个防错环节，技术人员说，值班人员当天中午操作的时候，手动把二次核验的选项点掉了，本来这个操作需要主管签字确认，但是当时主管临时出去接电话，值班人员就自己点了发送。
误报发出之后，日本铁路公司的北海道支部第一时间把几条线路上的普通列车临时减速行驶，司机按照应急流程，把列车在最近的小站临时停了下来。等 12 点 48 分解除通知发出之后，列车才重新启动，当天中午的 JR 线路因此晚点了七到十二分钟。东京市区的写字楼里，几个公司的前台在警报发出之后，组织员工从楼梯往下疏散，刚走到楼梯间三层，解除通知就发了出来，大家又顺着楼梯慢慢走回办公室。
当天晚上的第三次记者会上，气象厅宣布的整改措施包括：第一，把速报系统的二次核验功能改成系统自动触发，不再给值班人员手动关闭的选项；第二，以后只要系统算出震级超过 8 级，必须同时由两个值班人员确认之后才能发警报；第三，一周之内组织全体值班人员重新做一次应急流程培训。发言人在记者会上说，这次误报发出之后，给各地民众造成了不必要的惊慌，他们在记者会上向所有受影响的民众道歉。
气象厅门口的告示栏上，贴了一张新的通知，写着从第二天开始，值班人员上岗前要多做一项系统状态检查，确认所有防错功能都处于开启状态。当天深夜，气象厅的办公大楼里还亮着几层灯，技术人员坐在电脑前，一行一行核对系统里的参数，把那个可以手动关闭二次核验的选项从操作界面上撤了下来。
